細分化されたスキル制度が本格的に導入され、それらの高低が威力や成功率を左右するなど、キャラクターの成長や戦闘のシステムも変更されている。この他、不正コピー防止の為、スタート時にマニュアルに書かれたパスワードを打ち込む必要があり、このシステムは#7にも継承された。迷宮探索ではNPCの存在が殊更に重要となっている。彼等は売買の拠点であり、また貴重な情報源であるが、プレイヤーの判断如何によっては殺傷も可能である。

「Wizardry 囚われし魂の迷宮」は「Wizardry」シリーズの最新作で、新プロジェクト「ウィザードリィ ルネサンス」のラインナップタイトルの1つとされており、メインイラストにはファミコン版、スーパーファミコン版ウィザードリィから同作品に携わる末弥純氏、キャラクターデザインにオンラインゲームの作画などを担当している隼優紀氏、テーマ曲には「聖剣伝説」や「ロマンシングサ・ガ」シリーズを手がけた伊藤賢治氏が起用され、イメージソングは新人アーティストの凪矢彩夏（なぎやさやか）のデビュー曲「きみのために」になるとのこと。